小伙伴们关心的问题:为什么用16sRNA鉴定菌种,或者细菌16srdna能否鉴定到种的知识,本文通过数据整理汇集相关信息,希望对各位有所帮助。
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细菌鉴定中到底是16srDNA测序还是16srRNA测序?
细菌鉴定中测序测的是16S rDNA基因,因为RNA是不稳定的。
16S rDNA因其序列在物种间的高度多样性,成为细菌分类学研究的“分子钟”,素有“细菌化石”之称。
16S rDNA基因全长1542 bp,由9个可变区和10个保守区组成。其中保守区反映了生物物种间的亲缘关系,而可变区则表明物种间的差异,且变异程度与细菌的系统发育密切相关。
16srDNA测序包括细菌基因组DNA提取、16SrDNA特异引物PCR扩增、扩增产物纯化、DNA测序、序列比对等步骤。是一种快速获得细菌种属信息的方法。英文名称是16S ribosomal DNA identification,应用有细菌种属鉴定。
扩展资料:
在实验室中,主要是根据所用的鉴定仪器特点、感染性疾病的类型、标本种类、采集部位等因素建立具体的微生物学检验程序,大致步骤如下。
1、获得被鉴定菌种的纯培养菌落。
2、确定染色(革兰染色、抗酸染色)、形态和排列,按科、属、种依次鉴定下去。
3、运用知识、经验、最小数量的试验方法做出鉴定。
参考资料来源:百度百科-DNA测序
16sRNA在细菌鉴定上起着什么样的作用
就是从基因水平上确定细菌属于哪个种属,但是就我了解,16S完全一样的菌,不一定是同一个种,还需要通过生理生化指标进一步确定。如果有价值,那就全基因组测序吧!
[img]16sRNA怎样鉴定细菌
16s rRNA长度为1.5k多,作为菌种鉴定一般选择相似度97%的标准,相似度超过97%一般定义为同一种菌。
如果是sanger测序获得16s全长的都可以鉴定到种,甚至能区分亚种。有些细菌并不只有1个16s序列,会包含有1-15拷贝的16s序列,所以单一的16s序列鉴定可能会出现偏差。
利用高通量如454或miseq测序一般由于读长的缘故,通常只有300-500多个碱基被测序,所以在物种鉴定上一般比较可靠的是能分类到属,部分能分类到种。
根据我们的经验,不同的样品会有大约10-50的菌能分类到种。利用新的分析方法,我们现在也可以利用16s rRNA的群落多样性高通测序数据进行亚种级别的分析。主要是利用16s *** 同变化的SNP位点进行分型。这样可以大大提高菌种的分类精度,尤其是在有些菌株之间表型差异巨大的时候。
总结:为什么用16sRNA鉴定菌种和细菌16srdna能否鉴定到种的介绍到此就结束了,感谢您的支持。
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